Seit dem 5. Dezember 2007 bieten EEX und Eurex ihren Kunden den Handel von CO2-Emissionsrechten (EUA-Futures) über eine gemeinsame Plattform an. Um den Handel zu fördern, hat die EEX seit dem Start der Kooperation das Handelsentgelt für Börsengeschäfte in Emissionsprodukten auf 0,001 €/t CO2 reduziert. Für die Registrierung von OTC-Geschäften an der EEX erhebt die Börse ebenfalls ein Entgelt von 0,001 €/t CO2.
Ab dem 26. März 2008 können außerdem Futures auf CERs (Certified Emission Reductions), weltweit entstehende Emissionsgutschriften nach dem Kyoto-Protokoll, an der EEX gehandelt werden.