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- Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie beschleunigt Datenauswertung und verbessert Skalierbarkeit der Speicherinfrastruktur
- Genetische und klinische Studien des Instituts profitieren von hoher Verfügbarkeit und effektiverer Analyse mit dem IBM System Storwize V7000
Das Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie (IMISE) der Universität Leipzig hat sich für den Aufbau einer neuen Speicherinfrastruktur mit dem IBM Speichersystem Storwize V7000 entschieden. Ziel war dabei, eine flexiblere Speicherinfrastruktur als bisher mit hoher Skalierbarkeit, hoher Leistung und leichter Administration durch die Wissenschaftler zu ermöglichen.
Das Institut unter Leitung von Professor Dr. Markus Löffler gehört zur Medizinischen Fakultät der Universität Leipzig. Aufgaben des Institutes sind Forschung, Lehre, Weiterbildung und Beratung in Biostatistik, den Grundlagen klinischer Studien sowie medizinischer Informatik. Die Forschungsschwerpunkte liegen in den Bereichen Klinische Studien, Biometrische Modellierung, Medizinische Informatik, Bioinformatik und Systembiologie.
Für eine Vielzahl von großen nationalen Studien- und Verbundforschungsprojekten übernimmt das IMISE die Entwicklung des Studiendesigns, die Studienplanung, das Studienmanagement, Datenspeicherung und -management sowie die Datenauswertung und Modellierung. Aus diesen Aktivitäten ergeben sich vielfältige Herausforderungen für die IT-Infrastruktur des IMISE. Dies beinhaltet vor allem Datenbankserver und Remote Data Entry Systeme. Für die biometrische Modellierung und Systembiologie werden umfangreiche Rechenkapazitäten benötigt.
Das IMISE hat in den letzten Jahren seine Forschungsaktivitäten auf dem Bereich molekulargenetischer Untersuchungen intensiviert. Aktuell wird beispielsweise eine große genetisch-epidemiologische Studie namens LIFE (Leipziger Forschungszentrum für Zivilisationserkrankungen) initialisiert, bei der mehrere Tausend Patienten und gesunde Probanden nicht nur umfangreich untersucht, sondern auch molekulargenetisch charakterisiert werden sollen. Hierbei fallen große Datenmengen (im mehrstelligen TeraByte-Bereich) aus Hochdurchsatz-Mikroarray-Experimenten und Sequenzierungen an, welche eine besondere Herausforderung an das Datenmanagement und die Datenanalyse darstellen. Des weiteren besteht das Ziel zukünftiger Forschungen darin, Zusammenhänge zwischen verschiedenen hochdimensionalen genetischen Informationen, wie zum Beispiel zwischen genetischen Mutationen und Genexpression, Proteinen oder Metaboliten herzustellen. Dies erfolgt durch die Berechnung von unter Umständen mehreren Milliarden statistischer Tests. Limitierend für die Auswertung ist hierbei jedoch nicht nur die Berechnung dieser Tests, sondern vor allem die Geschwindigkeit, mit der Abfragen innerhalb der Ergebnislisten durchgeführt werden können. Durch den Erwerb des neuen IBM System Storwize V7000 möchte die Arbeitsgruppe "Genetische Statistik" um Dr. Markus Scholz deshalb ihre Infrastruktur verbessern, um diese und andere in naher Zukunft anstehende umfangreiche Analysen effektiv realisieren zu können.
Ein besonderer Vorteil des neuen IBM Speicher-Systems ist dabei dessen Skalierbarkeit. Es kann in der Anzahl der Einheiten und anschließbaren Platten sehr stark erweitert werden. Mit dem System Storwize V7000 werden z.B.vorhandene andere Speichersysteme mittels einer Virtualisierungsschicht integriert und zu einem gemeinsamen verwalteten SAN zusammengefasst. Falls andere Speichersysteme abgelöst werden sollen, können diese vorübergehend als externe Systeme angeschlossen und dann auf die Storwize V7000-eigenen Speichersysteme (interne und/oder externe Platten) migriert werden. Nach Abschluss der Migration kann dann das alte Speichersystem abgeschaltet werden. Das System funktioniert dabei ohne nennenswerte Downtime und bei vollem Zugriff durch angeschlossene Systeme. Das Projekt wurde in Zusammenarbeit mit dem Business Partner Wichmann Datentechnik realisiert.
Weitere Informationen:
Über das IMISE: www.imise.uni-leipzig.de
Über die Arbeitsgruppe Genetische Statistik: www.imise.de/genstat
Über LIFE: www.uni-leipzig-life.de
Über IBM: www.ibm.de und www.ibm.com/storage
Über Wichmann Datentechnik: www.wd-sgh.de
- Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie beschleunigt Datenauswertung und verbessert Skalierbarkeit der Speicherinfrastruktur
- Genetische und klinische Studien des Instituts profitieren von hoher Verfügbarkeit und effektiverer Analyse mit dem IBM System Storwize V7000
Das Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie (IMISE) der Universität Leipzig hat sich für den Aufbau einer neuen Speicherinfrastruktur mit dem IBM Speichersystem Storwize V7000 entschieden. Ziel war dabei, eine flexiblere Speicherinfrastruktur als bisher mit hoher Skalierbarkeit, hoher Leistung und leichter Administration durch die Wissenschaftler zu ermöglichen.
Das Institut unter Leitung von Professor Dr. Markus Löffler gehört zur Medizinischen Fakultät der Universität Leipzig. Aufgaben des Institutes sind Forschung, Lehre, Weiterbildung und Beratung in Biostatistik, den Grundlagen klinischer Studien sowie medizinischer Informatik. Die Forschungsschwerpunkte liegen in den Bereichen Klinische Studien, Biometrische Modellierung, Medizinische Informatik, Bioinformatik und Systembiologie.
Für eine Vielzahl von großen nationalen Studien- und Verbundforschungsprojekten übernimmt das IMISE die Entwicklung des Studiendesigns, die Studienplanung, das Studienmanagement, Datenspeicherung und -management sowie die Datenauswertung und Modellierung. Aus diesen Aktivitäten ergeben sich vielfältige Herausforderungen für die IT-Infrastruktur des IMISE. Dies beinhaltet vor allem Datenbankserver und Remote Data Entry Systeme. Für die biometrische Modellierung und Systembiologie werden umfangreiche Rechenkapazitäten benötigt.
Das IMISE hat in den letzten Jahren seine Forschungsaktivitäten auf dem Bereich molekulargenetischer Untersuchungen intensiviert. Aktuell wird beispielsweise eine große genetisch-epidemiologische Studie namens LIFE (Leipziger Forschungszentrum für Zivilisationserkrankungen) initialisiert, bei der mehrere Tausend Patienten und gesunde Probanden nicht nur umfangreich untersucht, sondern auch molekulargenetisch charakterisiert werden sollen. Hierbei fallen große Datenmengen (im mehrstelligen TeraByte-Bereich) aus Hochdurchsatz-Mikroarray-Experimenten und Sequenzierungen an, welche eine besondere Herausforderung an das Datenmanagement und die Datenanalyse darstellen. Des weiteren besteht das Ziel zukünftiger Forschungen darin, Zusammenhänge zwischen verschiedenen hochdimensionalen genetischen Informationen, wie zum Beispiel zwischen genetischen Mutationen und Genexpression, Proteinen oder Metaboliten herzustellen. Dies erfolgt durch die Berechnung von unter Umständen mehreren Milliarden statistischer Tests. Limitierend für die Auswertung ist hierbei jedoch nicht nur die Berechnung dieser Tests, sondern vor allem die Geschwindigkeit, mit der Abfragen innerhalb der Ergebnislisten durchgeführt werden können. Durch den Erwerb des neuen IBM System Storwize V7000 möchte die Arbeitsgruppe "Genetische Statistik" um Dr. Markus Scholz deshalb ihre Infrastruktur verbessern, um diese und andere in naher Zukunft anstehende umfangreiche Analysen effektiv realisieren zu können.
Ein besonderer Vorteil des neuen IBM Speicher-Systems ist dabei dessen Skalierbarkeit. Es kann in der Anzahl der Einheiten und anschließbaren Platten sehr stark erweitert werden. Mit dem System Storwize V7000 werden z.B.vorhandene andere Speichersysteme mittels einer Virtualisierungsschicht integriert und zu einem gemeinsamen verwalteten SAN zusammengefasst. Falls andere Speichersysteme abgelöst werden sollen, können diese vorübergehend als externe Systeme angeschlossen und dann auf die Storwize V7000-eigenen Speichersysteme (interne und/oder externe Platten) migriert werden. Nach Abschluss der Migration kann dann das alte Speichersystem abgeschaltet werden. Das System funktioniert dabei ohne nennenswerte Downtime und bei vollem Zugriff durch angeschlossene Systeme. Das Projekt wurde in Zusammenarbeit mit dem Business Partner Wichmann Datentechnik realisiert.
Weitere Informationen:
Über das IMISE: www.imise.uni-leipzig.de
Über die Arbeitsgruppe Genetische Statistik: www.imise.de/genstat
Über LIFE: www.uni-leipzig-life.de
Über IBM: www.ibm.de und www.ibm.com/storage
Über Wichmann Datentechnik: www.wd-sgh.de
