Wissenschaftler eines Konsortiums von norwegischen Meeres- und Aquakulturforschungseinrichtungen teilten diese Woche mit, dass sie die erste Version der vollständigen Genomsequenz des Kabeljaus erstellt haben. Das Ergebnis, das auf der GenoFisk-Konferenz in Oslo (Norwegen) vorgestellt wurde, besteht aus einer hochqualitativen Assemblierung des Genoms mit einer ersten Annotierung. Sie wurde allein aus Shotgun- und Paired-End-Daten erstellt, die vom Genome Sequencer FLX -System von 454 Life Sciences, einer Tochterfirma von Roche (SIX: RO, ROG; OTCQX: RHHBY), generiert wurden. Durch Verwendung der GS FLX Titanium Produkte mit langen Leseweiten und des zugehörigen Computerprogramms GS Assembler konnte das Konsortium die erste Assemblierung in einem Bruchteil der Zeit und der Kosten durchführen, die bei herkömmlichen Sequenziermethoden notwendig gewesen wären. Die Forscher hoffen, mit diesen Daten und dem vollständig annotierten Genom Gene und Genvarianten identifizieren zu können, die für in der Aquakultur von Kabeljau wichtige Eigenschaften verantwortlich sind.
Die Aquakultur von Kabeljau ist ein in nördlichen Ländern wie Norwegen immer wichtiger werdender Industriezweig, da der Bedarf an diesem Fisch hoch ist, die frei lebenden Bestände abnehmen und er bei niedrigen Temperaturen vergleichsweise schnell wächst. Im Jahr 2008 erhielt das norwegische Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES) die Mittelzuweisung zur vollständigen Sequenzierung des 0,9 Gb großen Kabeljaugenoms. Das Konsortium entschied sich zur Bearbeitung dieses Projektes für 454 Life Sciences.
"Der Kabeljau ist ein großer und komplexer Eukaryot mit einigen hochrepetitiven Abschnitten im Genom. Uns war klar, wie wichtig Leseweiten von 400 Basenpaaren waren, um eine Assemblierung in der Qualität zu erreichen, wie wir sie zur Erreichung unserer Ziele bei der De novo Sequenzierung benötigten. Im Endeffekt konnten wir eine 25-fache Abdeckung des Genoms erreichen und eine Assemblierung mit nur wenigen, großen Scaffolds - angesichts dessen, dass wir eine diploide DNA-Quelle hatten, die kein Inzuchtstamm war, eine hervorragende Leistung.", erklärte Kjetill Jakobsen, Professor an der Universität Oslo und Leiter des Konsortiums. "Eine erste Transkriptomuntersuchung ergab, dass 95 % aller sequenzierten Transkripte in der momentanen Assemblierungsversion zu finden sind, was die Qualität unserer Ergebnisse unterstreicht. Mit diesem Projekt haben wir einen bedeutenden Schritt zur Erstellung eines stark annotierten Referenzgenoms gemacht, das nach Genen und Genvariationen durchsucht werden kann, die mit wichtigen Eigenschaften für die Aquakultur von Kabeljau in Zusammenhang stehen."
In der nächsten Phase des Projekts plant das Konsortium, mit dem Genome Sequencer FLX System das Transkriptom des Kabeljaus für die Genomannotierung zu sequenzieren sowie Kabeljauexemplare aus verschiedenen Wildpopulationen zu untersuchen. "Auch in diesen Folgeuntersuchungen werden wir nach SNPs und Eigenschaften suchen, die für die Aquakultur relevant sind, wie zum Beispiel Geschlechtsreife, Temperaturtoleranz und Sauerstoffaufnahme sowie mit der Fischerei zusammenhängende Eigenschaften wie das Wachstum nach einer Befischung.", erklärte Jakobsen. "Aus vorangegangenen Studien weiß man, dass, wenn die großen Kabeljaue aus einer Population weggefischt werden, die nachfolgende Generation dazu neigt, kleiner zu werden. Wir möchten die genetische Grundlage dieser evolutionären Anpassung erforschen."
"Diese Studie zeigt, zusammen mit anderen vor kurzem bekanntgegebenen großen Genomprojekten wie der Ölpalme, dass die Technologie des 454 Sequencing Systems tatsächlich die Sanger-Technologie bei De novo-Sequenzierungen und -Assemblierungen abgelöst hat", sagte Christopher McLeod, Präsident und Geschäftsführer von 454 Life Sciences. "Wir freuen uns sehr auf die weitere Zusammenarbeit mit dem Kabeljaugenom-Konsortium bei der Erforschung dieser wichtigen Fischart."
Alle Produkte werden nur für biowissenschaftliche Forschungszwecke verkauft. Nicht als diagnostisches Verfahren geeignet. 454, 454 SEQUENCING, 454 LIFE SCIENCES und GS FLX TITANIUM sind Marken von Roche.
Weitere Informationen zum 454 Sequencing System finden Sie auf www.454.com.
Die Aquakultur von Kabeljau ist ein in nördlichen Ländern wie Norwegen immer wichtiger werdender Industriezweig, da der Bedarf an diesem Fisch hoch ist, die frei lebenden Bestände abnehmen und er bei niedrigen Temperaturen vergleichsweise schnell wächst. Im Jahr 2008 erhielt das norwegische Centre for Ecological and Evolutionary Synthesis (CEES) die Mittelzuweisung zur vollständigen Sequenzierung des 0,9 Gb großen Kabeljaugenoms. Das Konsortium entschied sich zur Bearbeitung dieses Projektes für 454 Life Sciences.
"Der Kabeljau ist ein großer und komplexer Eukaryot mit einigen hochrepetitiven Abschnitten im Genom. Uns war klar, wie wichtig Leseweiten von 400 Basenpaaren waren, um eine Assemblierung in der Qualität zu erreichen, wie wir sie zur Erreichung unserer Ziele bei der De novo Sequenzierung benötigten. Im Endeffekt konnten wir eine 25-fache Abdeckung des Genoms erreichen und eine Assemblierung mit nur wenigen, großen Scaffolds - angesichts dessen, dass wir eine diploide DNA-Quelle hatten, die kein Inzuchtstamm war, eine hervorragende Leistung.", erklärte Kjetill Jakobsen, Professor an der Universität Oslo und Leiter des Konsortiums. "Eine erste Transkriptomuntersuchung ergab, dass 95 % aller sequenzierten Transkripte in der momentanen Assemblierungsversion zu finden sind, was die Qualität unserer Ergebnisse unterstreicht. Mit diesem Projekt haben wir einen bedeutenden Schritt zur Erstellung eines stark annotierten Referenzgenoms gemacht, das nach Genen und Genvariationen durchsucht werden kann, die mit wichtigen Eigenschaften für die Aquakultur von Kabeljau in Zusammenhang stehen."
In der nächsten Phase des Projekts plant das Konsortium, mit dem Genome Sequencer FLX System das Transkriptom des Kabeljaus für die Genomannotierung zu sequenzieren sowie Kabeljauexemplare aus verschiedenen Wildpopulationen zu untersuchen. "Auch in diesen Folgeuntersuchungen werden wir nach SNPs und Eigenschaften suchen, die für die Aquakultur relevant sind, wie zum Beispiel Geschlechtsreife, Temperaturtoleranz und Sauerstoffaufnahme sowie mit der Fischerei zusammenhängende Eigenschaften wie das Wachstum nach einer Befischung.", erklärte Jakobsen. "Aus vorangegangenen Studien weiß man, dass, wenn die großen Kabeljaue aus einer Population weggefischt werden, die nachfolgende Generation dazu neigt, kleiner zu werden. Wir möchten die genetische Grundlage dieser evolutionären Anpassung erforschen."
"Diese Studie zeigt, zusammen mit anderen vor kurzem bekanntgegebenen großen Genomprojekten wie der Ölpalme, dass die Technologie des 454 Sequencing Systems tatsächlich die Sanger-Technologie bei De novo-Sequenzierungen und -Assemblierungen abgelöst hat", sagte Christopher McLeod, Präsident und Geschäftsführer von 454 Life Sciences. "Wir freuen uns sehr auf die weitere Zusammenarbeit mit dem Kabeljaugenom-Konsortium bei der Erforschung dieser wichtigen Fischart."
Alle Produkte werden nur für biowissenschaftliche Forschungszwecke verkauft. Nicht als diagnostisches Verfahren geeignet. 454, 454 SEQUENCING, 454 LIFE SCIENCES und GS FLX TITANIUM sind Marken von Roche.
Weitere Informationen zum 454 Sequencing System finden Sie auf www.454.com.
