Kultusminister Müller würdigt die Arbeit Brakhages und wünscht ihm viel Erfolg: "Prof. Brakhage ist ein Wissenschaftler, auf den Thüringen stolz sein kann. Das von ihm geleitetete Hans-Knöll-Institut in Jena wurde im letzten Jahr vom Senat der Leibniz-Gemeinschaft als 'sehr gut, exzellent und international konkurrenzfähig' begutachtet. Als eines der besten deutschen Forschungsinstitute trägt das HKI mit Exzellenz und internationaler Konkurrenzfähigkeit wesentlich dazu bei, dass Thüringen im internationalen Wettbewerb bestehen kann. Mit wissenschaftlichen Know-how und großem Erfahrungsschatz wird Brakhage auch als Präsident der Vereinigung für Allgemeine und Angewandte Mikrobiologie neue Impulse bei der Förderung des wissenschaftlichen Nachwuchses setzen."
Das HKI wurde von 1992 bis 2002 durch den Freistaat Thüringen gefördert. Die Fördersumme betrug insgesamt etwa 93,7 Millionen Euro. Seit der Aufnahme in die Leibniz-Gemeinschaft 2003 wird das HKI von Bund und Ländern gemeinsam unterstützt. Die institutionelle Förderung belief sich 2008 auf 13,6 Millionen Euro. Weitere Informationen sind im Internet unter www.hki-jena.de zu finden.